Kingdom monera dan protista merupakan bagian dari materi klasifikasi makhluk hidup yang diajarkan pada mata pelajaran biologi kelas VII SMP. Alat konvensional yang digunakan dalam penyampaian saat belajar yakni berupa gambar dan hewan yang diawetkan (untuk kingdom animalia). Kingdom monera dan protista merupakan makhluk mikro yang hanya bisa dilihat dengan bantuan alat mikroskop. Namun berdasarkan hasil pra riset, sebesar 54,3% guru menyatakan bahwa siswa belum mendapatkan materi pembelajaran untuk melihat makhluk mikro dengan mikroskop. Sehingga diperlukan alternatif media pembelajaran yang dapat memperlihatkan objek makhluk mikro tanpa menggunakan alat mikroskop. Untuk memudahkan dalam pemahaman materi, maka penyampaian materi dapat digabungkan dengan teknologi multimedia sebagai alternatif media pembelajaran. Oleh karena itu pada proyek akhir ini dirancang sebuah aplikasi pembelajaran klasifikasi makhluk hidup kingdom monera dan protista berbasis desktop. Berdasarkan pengujian manfaat yang telah dilakukan pada aplikasi ini didapatkan perbandingan antara belajar konvensional dan menggunakan aplikasi sebesar 30,8% : 65,7%, menunjukkan bahwa siswa yang menggunakan aplikasi dapat meningkatkan pemahaman sebesar 34,9%. Serta berdasarkan pengujian usabilitas didapatkan nilai sebesai 72,6% tingkat acceptable, menunjukkan bahwa aplikasi yang dibangun sudah layak untuk digunakan. Sehingga dapat disimpulkan bahwa siswa lebih memahami konsep pelajaran klasifikasi makhluk hidup kingdom monera dan protista menggunakan aplikasi. Kata Kunci: Klasifikasi Makhluk Hidup, Kingdom Monera dan Protista, Aplikasi Pembelajaran, Blender, Unity3D, Aplikasi Desktop.