Biologi merupakan salah satu mata pelajaran yang diajarkan pada kelas XI IPA. Mata pelajaran ini membahas tentang kehidupan makhluk hidup, siklus kehidupan makhluk hidup. Salah satu yang dipelajari dari manusia adalah sistem pencernaan makanannya. Metode konvensional merupakan salah satu metode yang digunakan dalam penyampaian saat proses belajar mengajar yakni berupa gambar ataupun alat peraga yang terdapat di sekolah. Namun berdasarkan hasil wawancara yang telah dilaksanakan dapat diambil kesimpulan bahwa belajar dengan menggunakan alat peraga dan gambar 2D yang terdapat pada buku pelajaran memberikan kesulitan bagi peserta didik dalam memahami materi tersebut.Sehingga diperlukan alternatif media pembelajaran yang dapat memperlihatkan objek pencernaan agar terlihat lebih nyata. Dari permasalahan tersebut maka dibangun sebuah aplikasi pembelajaran sistem pencernaan yang dapat membantu siswa dalam memahami materi tersebut. Berdasarkan hasil validasi objek yang telah dilakukan kepada guru biologi, bentuk organ pencernaan 3D pada aplikasi sudah sesuai dengan bentuk aslinya. Dengan menggunakan aplikasi ini dapat disimpulkan bahwa nilai siswa meningkat dari nilai 45% menjadi 70%. Dari hasil pengujian usabilitas yang diperoleh nilai sebesar 71,75 % yang menunjukkan bahwa aplikasi dinilai acceptable. Dapat disimpulkan bahwa aplikasi dapat menjadi solusi media pembelajaran alternatif yang membantu siswa dalam memahami konsep pembelajaran pencernaan manusia.
Kata Kunci : Sistem Pencernaan Manusia, Aplikasi Pembelajaran, Blender, Unity, Aplikasi Desktop.